Kazneno popravnim zavodom rukovodi ravnatelj. 

U kazneno popravnom zavodu postoji zamjenik ravnatelja koji zamjenjuje ravnatelja u slučaju njegove odsutnosti i spriječenosti i pomaže ravnatelju u izvršavanju poslova iz njegove nadležnosti. 

Ravnatelj kazneno popravnog zavoda organizira rad zavoda, usklađuje rad organizacijskih jedinica, nadzire pravilnost i zakonitost rada, predstavlja zavod i vrši druge poslove za koje je nadležan po zakonu i drugim propisima. 

Ravnatelj i zamjenik ravnatelja kazneno popravnog zavoda za svoj rad odgovara odgovaraju Vladi Federacije i federalnom ministru pravde.